Format Newick stablo

Source: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html

Uvod

U Newick standard za zastupanje drveća u kompjuterski čitljivom obliku koristi prepiske između drveća i ugnežđenih zagrade, primetio 1857. čuveni engleski matematičar Arthur Cayley. Ako imamo ukorijenjen drvo:

[Tree of form (B,(A,C,E),D)]

zatim u stablo datoteku je predstavljena sljedeće sekvence za ispis znakova:

(B,(A,C,E),D);

Stablo završava sa zarezom. Na najniži čvor u ovom stablu je unutrašnjost čvor, a ne vrh. Interijer čvorovi su predstavljene par podudaraju zagradama. Između njih su reprezentacije od čvorova koji su odmah potomci tog čvora, odvojene zarezima. U iznad drveća, u neposrednoj potomci su B, drugi unutrašnjost čvor, i D. drugi unutrašnjost čvor predstavlja par zagrada, okružuje reprezentacije u njegovoj neposrednoj potomaka, A, C, i E. U našem primjeru ovih dogoditi biti tips, ali generalno bi mogli biti i unutrašnjost čvorova, a rezultat će biti dalje Gnežđenje zagrada, na bilo kojem nivou.

Savjeti predstavljaju njihova imena. A ime može biti bilo koji niz od štampati znakova osim praznine, dvotočke, zarezom, zagrade, i uglastim zagradama.

Jer možda želite uključiti praznu u ime, pretpostavlja se da je donje crte ( “_”) označava praznu; bilo koji od ovih u ime će se pretvoriti u prazan kada je pročitao u bilo kojem ime može biti i prazan:. drvo kao

(,(,,),);

je dozvoljeno. Drveće se može multifurcating na bilo kojem nivou.

dužine grana se može ugraditi u stablo stavljanjem pravi broj, sa ili bez decimalne točke, nakon čvora i prethodi debelog crijeva. Ovo predstavlja dužinu grane odmah ispod tog čvora. Tako je iznad drveća možda dužine predstavljeni kao:

(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0);

Drvo počinje na prvoj liniji datoteke, a može i dalje naknadne linije. To je najbolje da se nastavi na novu liniju, ako uopće, odmah nakon zarezom. Blanks se može ugraditi u bilo kojem trenutku, osim u sredini ime vrste ili dužine grane.

Navedeni opis je zapravo od podskup Newick standarda. Na primjer, unutrašnjost čvorovi mogu imati imena u taj standard. Ova imena prate pravo zagrade za to unutrašnjosti čvor, kao u ovom primjeru:

(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0)Ancestor1:5.0,D:11.0);

Primjeri

Da bi vam pomoći da shvatite ovo drvo reprezentacije, evo nekoliko stabala u gore obliku:

((raccoon:19.19959,bear:6.80041):0.84600,((sea_lion:11.99700, seal:12.00300):7.52973,((monkey:100.85930,cat:47.14069):20.59201, weasel:18.87953):2.09460):3.87382,dog:25.46154);

(Bovine:0.69395,(Gibbon:0.36079,(Orang:0.33636,(Gorilla:0.17147,(Chimp:0.19268, Human:0.11927):0.08386):0.06124):0.15057):0.54939,Mouse:1.21460):0.10;

(Bovine:0.69395,(Hylobates:0.36079,(Pongo:0.33636,(G._Gorilla:0.17147, (P._paniscus:0.19268,H._sapiens:0.11927):0.08386):0.06124):0.15057):0.54939, Rodent:1.21460);

A;

((A,B),(C,D));

(Alpha,Beta,Gamma,Delta,,Epsilon,,,);

(Ne) Jedinstvenost

U Newick standard ne čine jedinstven prikaz stabla, iz dva razloga. Prvo, da bi lijevo-desno potomaka čvora utiče na predstavljanju, iako je biološki nezanimljiva. Tako, na biolog

(A,(B,C),D);

je isto drvo kao

(A,(C,B),D);

koji je u okrenuti istog drveta kao

(D,(C,B),A);

a to je isto drvo kao

(D,A,(C,B));

i

((C,B),A,D);

Ukorijenjeni i neukorijenjenim drveća

Osim toga, standard predstavlja ukorijenjena stablo. Za mnoge biološke svrhe možda nećemo biti u mogućnosti da zaključi položaj korijena. Željeli bismo imati predstavljanje jednog neukorijenjenim stabla kada decribing zaključke u takvim slučajevima. Evo konvencije je jednostavno proizvoljno root stablo i prijaviti rezultat ukorijenjen stablo. tako

(B,(A,D),C);

bi bilo isto neukorijenjenim drvo kao

(A,(B,C),D);

i kao

((A,D),(C,B));

Široku upotrebu

Uprkos ovom ograničenja nonuniqueness čitljivost rezultat reprezentacije (za drveće skromnih dimenzija) i lakoću pisanja programa koji je pročitao su držali ovaj standard u širokoj upotrebi.

Konkurentima uključuju NEXUS standard za drveće (dio više opštih NEXUS standard za skupove filogenije podataka). Međutim, NEXUS zastupljenost stabala se zasniva na Newick standard – unutar NEXUS STABALA Block ćete pronaći … Newick drveća.

A manje standard Newick zasnovan je standardni PhyloXML, što je XML reprezentacija koristeći gnijezde na <kladus> … </ klada> tag parova umjesto zagrada.

Porijeklo

U Newick Standard je usvojen 26 Jun 1986 by neformalnom sastanku odbora saziva mene tokom Društvo za proučavanje evolucije sastanaka u Durham, New Hampshire i sastoji se od James Archie, William Nj.E. Dan, Wayne Maddison, Christopher Meacham, F. James Rohlf, David Swaffort, i ja. (Komisija nije bila aktivnost SSE niti odobrio ga). Razlog za ime je da je drugi i završni sjednice Odbora sastali u restoranu Newick u Dover, New Hampshire, i mi smo uživali u obrok od jastoga. Predstavljanje stablo je generalizacija jednog razvio Christopher Meacham 1984. godine za programe crtanje drvo koje je napisao za PHYLIP paket prilikom obilaska Seattle. Njegova posjeta je bila odsustva iz University of Georgia, koji na taj način indirektno dijelom finansira taj posao.

Ostali opisi standardu Newick

Nije bilo formalnog objavljivanja standarda Newick.

  • Gary Olsen je proizveo formalni opis je koji je dostupan ovdje.
  • Tu je i Wikipedia stranice na Newick Standard dostupan ovdje.

PRA je slobodan softver!!!

Source: http://www.physics.usyd.edu.au/~marek/pra/index.html

Opće informacije.

Pulse snimač i analizator je dizajniran da koristi računar sa zvukom adapter kao višekanalni analizator i skaler. Glavna svrha aplikacije je za snimanje i analizu signala dobili od zračenja detektora kao: Geiger brojači, scintilacioni detektori, plina proporcionalna brojači, i poluvodiča detektora. On otkriva impulsa i u realnom vremenu analizira prikupljenih podataka. Ova aplikacija se trenutno koristi za pokretanje mnogih eksperimenata u srednji i napredni nastavu laboratorija u Školi za fiziku na Univerzitetu u Sydneyu.

Hardverski i softverski zahtjevi:

PC sa zvukom adapterom radi Windows XP ili noviji operativni sistem, uključujući 32bit i 64bit verzije. Ona također radi na Linux kutije pomoću vina.

Preuzimanje PRA:

Dokumenti (.pls i .ini datoteke) stvorio različite glavne verzije PRA nisu kompatibilni. Molimo vas da izbrišete “PRA.ini” datoteku iz programa direktorija ako nadograđujete PRA glavni verziju. Verzija 15 je najnovija (verzija 13 je izostavljen za svaki slučaj), koji uključuje većinu funkcija. Ako imate datoteke stvorene od strane PRA verzija 10, 11, 12, i 14, i dalje možete ih otvoriti u PRA verziji 15 pomoću “Load Data” komandu iz izbornika “File”. Verzija 9 (50% manje potrebnih resursa i manje datoteke dokument) i dalje održava (Bugs fiksiranje samo). Za više informacija o PRA molimo preuzmite program:

Verzija Ime dokumenta Bajt Checksum MD5
PRA za Windows 32 + 64-bitna verzija 15.0.1.7 PRA15.7z 491970 86f4563fb33b562f2db854f7e8b83eea
PRA Installer za Windows 32-bitna verzija 15.0.1.7 PRA15Setup32.exe 742178 f3b5ef07ba35f3b26d6b4cb4d9fd281d
PRA Installer za Windows 64-bitna verzija 15.0.1.7 PRA15Setup64.exe 751712 a00495470df93c091b6a49744f90bcbb
PRA za Windows 32 + 64-bitna verzija 14.0.0.0 PRA14.7z 489173 52efaf524ef2889a0e71d86c226ef9ce
PRA for Windows 32+64 bit version 12.0.0.2 PRA12.7z 489131 5d063dd00200ff296a18a0670c3cdb29
PRA for Windows 32+64 bit version 11.0.2.3 PRA11.7z 487913 c85d89c5596c185a04da0f33d99c670c
PRA for Windows 32+64 bit version 10.2.24 PRA10.7z 487299 eb81b4f0eb30364567011295a85814c5
PRA for Windows 32+64 bit version 9.1.19 PRA9.7z 421390 8c2a8a03852ca54767693f59e876c974

Instalacija:

Ako ste preuzeli “PRA * .7z” datoteku, raspakirajte ga i kopirajte pogodan 32bit ili 64bit PRA.exe i PRA.pdf datoteke u bilo koju mapu. Ovaj program je prenosiv i sva podešavanja se čuvaju u “PRA.ini” fajl nalazi u direktoriju aplikacije. Za pomoć vidi “PRA.pdf” uključen u paket.

Ako ste preuzeli jedan od instalatera (zahvaljujući ide u Inno Setup), samo pokrenite “* .exe PRA * Setup” program i slijedite upute. Installer će linkove na aplikacije PRA u meniju i suradnik PRA sa “.pls” datoteke. Također proizvodi program uninstaller.

Za dodatne informacije ili ako možda imate bilo kakve komentare i sugestije E-mail Marek Dolleiser.

Uvod u medicinsku protozoologija

Source: http://www.tulane.edu/~wiser/protozoology/notes/INTRO.html

Šta su Protozoe?

Dešifrovanje grčke korijene rezultate u definiranju protozoa kao “prvi” (proto) ‘životinje’ (Zoa). Iako molekularne filogenetski studije pokazuju da protozoa su među najranije grananja eukariota (vidi filogenetsko stablo), takva definicija ne pruža mnogo opisne informacije. Protozoa nije lako definirane jer su raznolike i često samo srodstvu međusobno. Zbog izuzetne raznolikosti protozoa jedina karakteristika zajednička svim protozoa je da su jednoćelijskih eukariotskih mikroorganizama. Protozoa imaju tipične eukariotskih organele i općenito izložba tipične karakteristike drugih eukariotskih stanica. Na primjer, membrane vezana jezgra sadrži hromozoma se nalazi u svim protozoa vrsta. Međutim, u mnogim protozoa vrsta neke organele može biti odsutan, ili su morfološki ili funkcionalno razlikuju od onih u drugim eukariota. Osim toga, mnogi od protozoa imaju organele koje su jedinstvene za određenu grupu protozoa.

Pitanja moglo bi se pitati u vezi definisanja protozoa uključuju:

Protozoa pokazuju širok spektar morfologije (kliknite figura za sliku i opis). Ne postoji jedan oblik ili morfologiju koja bi obuhvatila većinu protozoa. Oblici variraju od amorfne i stalno mijenja oblike ameba relativno krute forme diktira dijelom visoko naredio cytoskeletons ili luči zidova ili granate. Nekoliko protozoa vrsta izraziti fotosintetski ili drugih pigmenata i na taj način se boji. Mnogi protozoa vrste pokazuju kompleks životnog ciklusa s više faza. Ponekad različite faze životnog ciklusa su toliko različiti da su u zabludi za potpuno različite vrste.

Protozoa – osim nekoliko kolonijalne oblici – su jednoćelijski, ili jednoćelijski, organizmi; Iako neki tvrde da su oni zapravo “acelularnom ‘. Dakle, velika većina protozoa su mikroskopski. Ipak, oni pokazuju neverovatno veliki raspon veličina. Postojećih vrsta u rasponu veličine od <1 μm (10-6 m) na nekoliko mm. Fosilizovane Forminiferida od nekoliko cm su identificirani. (Extinct protozoa se može otkriti zbog izlučuju kalcij karbonata ljuske.) Većina organizama raspravlja u ovom kursu će biti 3-50 μm. Ova mala veličina zahtijeva korištenje mikroskopa za otkrivanje protozoa. Elektronski mikroskop je potrebno za detaljnu morfološke studije.

Veličine protozoa   
Organizam                                              Veličina
Plasmodium merozoites                       2-5 μm
Paramecijum                                           200-500 μm
Spirostomumi ambiguum                    3 mm
Numuliti (fosilizirani)                           7-13 cm

Protozoa se nalaze u vlažnim sredinama gotovo svuda. Kao grupa, u protozoa su izuzetno prilagodljivi. Pojedinih vrsta, iako, uglavnom imaju vrlo specifične niše. Kao i svi drugi organizmi, protozoa mora biti u stanju da steknu i metabolizam hranjivih tvari iz svoje okoline. Mnogi protozoa jednostavno apsorbuju rastvorene supstance (i.e., osmotrophy) iz njihovih medija, a neki su lešinari koji progutati čvrstog materijala (i.e., phagotrophy). Predatorske protozoa ili aktivno loviti ili pasivno zasjede drugih organizama (obično bakterija ili drugih protozoa). Neki protozoa su fotosintetičke i može uhvatiti energiju sunca i pretvoriti ga u upotrebljiv hemijske energije (i.e., autotrofni ili phototrophic). Mnogi protozoa nisu ograničene na jedan mehanizam za uvlačenje i može koristiti kombinacije gore navedenih (i.e., heterotrofnih, mixotrophic).

Protozoa može se smatrati slobodnim dnevni ili simbiotski. Općenito free-živi organizmi nalaze se u tlu ili vodenom okruženju, dok simbionata žive u neposrednoj saradnji sa drugom organizmu. Simbioza podrazumijeva fiziološki zavisnost od jednog organizma na drugi organizam, a ne samo u neposrednoj blizini fizičku vezu između dva organizma. Općenito ovo zavisnost je u obliku ishrane. Različiti oblici simbioze mogu se razlikovati koji odražavaju prirodu povezanost između dva organizama (kutija).

Simbiotski udruženja
Commensalism Označava interakciju koja je korisna za jedan organizam, ali nema uticaja na druge organizam. Na primjer, mnoge protozoa žive u probavni kanal drugog organizma bez štete to. Ove commensals su često lešinari ili predatora koji koriste obilje hranjivih tvari ili bakterijskih faune koje domaćin organizam.
Mutualizam Označava poseban oblik commensalism u oba organizama izvesti neke koristi i postali zavisni jedni na druge. Klasičan primjer mutualizam je protozoa Trichonympha nalaze u crijevima termita. Trichonympha, uz pomoć simbiotske bakterije, vari čestice drva (i.e., celuloza) proguta od strane termita.
Parazitizam Označava odnos u kojem jedan organizam (parazita) koristi na račun drugih organizama (domaćin). Općenito ovaj trošak domaćina implicira da je parazit uzima u makromolekula od domaćina i objava drugi u domaćina. U nekim slučajevima parazitizma će biti otvoreno štetan za domaćina i iz kao patogeni. Ovi patogeni protozoa će biti primarni fokus ovog kursa.

Motilitet i citoskeleta

Najraniji zapažanja protozoa izrazili pokretljivost. Ova pokretljivost je rezultiralo u njihove klasifikacije kao ‘životinje’, koji su razlikuje od ne-pokretnih ‘biljke’. Međutim, pokretljivost nije univerzalna karakteristika protozoa i različitih protozoa koriste različite mehanizme za njihovo kretanje (tabela). U stvari, protozoa su u početku klasifikuju na dijelom na njihov mehanizam motilitet (vidi Taksonomija).

Načini na pokretljivost
Mehanizam                                Podgrupa
amoeboid to čine                      amebe kretanje
flagella                                        flagelati
Cilia                                             ciliates
jedriličarstvo motilitet            sporozoa

Cilia i flagella su subćelijskih strukture koje pokreću protozoa kroz fluid medij. Flagella su dugo bič-poput strukture koje pokreću organizam kao rezultat vala nalik beat koji se propagira kroz njihove dužine. Flagellated protozoa obično imaju jedan ili nekoliko flagella po organizam. Nasuprot tome, prekriven cilijama protozoa su obično prekrivena redovima brojnih cilija. Beats ovih cilija su koordinirani i funkcije poput vesla za pokretanje organizma. Cilia i flagella također može pomoći u nabavci hrane, reprodukcije i druge funkcije. Cilia i flagella se sastoje od iste komponente proteina i da su zapravo ekvivalent strukture. Oba su membrane vezani vlaknaste projekcije iz ćelije. Vlakno, poznat kao axoneme, sastoji se od niza paralelnih mikrotubula, obično izlaže ‘9 + 2’ aranžman. Pokret se proizvodi kada mikrotubule povucite prošlosti jedni druge. Sila koja posreduje ovu klizna kretanje nastaje protein dynein. Dyneins su “motor proteini” koji pretvaraju energiju kemijskih objavio ATP hidrolize u mehaničku energiju. Mikrotubule su citoskeleta elemente koji također igraju važnu ulogu u obliku ćelija i su glavna komponenta u mitoze vretena.

Za razliku od plivanja ispoljava flagelati i ciliates, ameba su protozoa koji puzi uz solidan supstrat na način poznat kao ‘ameboid pokreta’. U ameba izvučen je pseudopodium, ili lažna stopala, iz organizma ćelije. U pseudopodium onda se postavlja na supstrat i onda vuče ostatak tijela ćelije naprijed. Sila su uključeni u ovaj pokret nastaje drugi citoskeleta sistem, koji se sastoji od aktina i miozin. Aktin forme dugo vlakana, također poznat kao microfilaments, i miozin je protein motor koji se kreće duž microfilaments na ATP zavisni način. Mišićna kontrakcija je još jedan primjer generacije sile preko aktin-miozin citoskeleta elemenata. U mehanički smislu, fagocitoze je oblik ameboid pokreta uključuje i microfilaments. U ovom slučaju pseudopodia su proširena na okružuju čestice se unese u organizam. Fuzija je pseudopodia sa rezultatima tijelo ćelije u internalizacije čestice unutar vakuole.

Apicomplexa i puzati duž supstrata, ali drugačiji mehanizam od ameba. Mehanizam ovog takozvanog ‘klizi pokretljivost’ tek počinje da se shvatiti i vjerojatno uključuje i mikrovlakno i mikrotubule na osnovu citoskeleta sistema. Apicomplexa također pokazuju intracelularne oblika i invaziju na ćelije domaćina i uključuje ovo klizanje pokretljivost. (Vidi i diskusiju o ćelije domaćina invazije parazita malarije.)

Cellular pokretljivost uključuje snagu generacije ili kroz mikrotubule na bazi citoskeleta elemenata ili mikrovlakno na bazi citoskeleta elemenata. To je istina za protozoa i drugih eukariota. Uključivanje mikrotubula i microfilaments u oba oblika ćelije i kretanje ćelija čine ove subćelijskih strukture više analogan lokomotornog sistema.

Reprodukcija

Protozoa, kao i svi drugi organizmi, razmnožavaju. Najčešći oblik reprodukcije u protozoa je aseksualna binarni fisije. Drugim riječima, jedan organizam će podijeliti na dva jednaka organizama. Blagi modifikacija ove binarne fisije, nazvan Budding, je kada je jedan od novoformirane ćelije je manja od druge. Obično je veći ćelija se zove majka i manji je kćerka. Neki protozoa će formirati intracelularni pupoljak i suštinski roditi. Još jedna varijacija binarnih fisija je višestruki fisije ili segmentacije. U ovoj situaciji, nekoliko rundi nuklearnih replikacije doći bez citokineza. Ovo multinucleated ćelija će potom formirati više potomstva istovremeno.

Načini reprodukcija
Aseksualni binarni fisija višestruki fisija pupljenje
Seksualni fuzija polnih ćelija
konjugacija

Mnogi protozoa pokazuju seksualnu reprodukciju pored aseksualni oblike reprodukcije. Ova seksualna reprodukcija može uključivati ​​proizvodnju i fuzija polnih ćelija u procesima slično viših organizama. U Ciliophora podvrgnuti konjugacija u kojoj će suprotno vrste parenje uparili i direktno razmjenjivati ​​genetski materijal (i.e., DNK). Ponekad seksualna reprodukcija je obavezan korak u životnom ciklusu, dok je u drugim slučajevima organizam može reproducirati bespolno sa povremenim krug seksualne reprodukcije.

Ukratko, protozoa su jednoćelijskih eukariotskih mikroorganizama. Međutim, iznos od raznolikosti u pogledu morfologije, veličina i stilova života izložba protozoa otežava razviti preciznije definicije. Njihov dug evolucijski povijest (vidi filogenetsko stablo) čini mnogo ove raznolikosti. Međutim, protozoa učiniti izložba karakteristike zajedničke za sve eukariota. (Link za seriju PowerPoint prezentacije na eukariotske ćelije biologije.)

Taksonomija

Taksonomija, ili sistematike, je nauka imenovanja i klasifikaciju organizama. Pored dodjeljivanja hijerarhijski taksonomskih klasifikacije, sistematika i pokušava da postavi organizama u grupe odražavaju evolucijski odnosa ili filogenija. Međutim, taksonomske kriteriji su često proizvoljno i taksonomija se uvijek mijenja u skladu s novim otkrićima i tumačenja. Osim toga, utilitarne funkcije, kao što su tip bolesti, opseg domaćina i geografska distribucija, se često koriste u sistematika patogenih mikroorganizama. To se posebno odnosi na protozoa taksonomiju. Osim toga, tu je neka rasprava o ukupnom filozofije u klasifikaciji protozoa i odnosa između mnogih protozoa grupe nisu poznati (vidi D.J. Patterson u Am. Nat. 154, S96-124). Klasifikacija protozoa se dodatno komplikuje originalni definiciji protozoa što jednoćelijskih heterotrofa. To je sada poznato da protozoa (ili protiste) može koristiti više nutritivne strategije i ne može se smatrati jednostavno bilo biljka nalik (autotrofnu) ili životinja nalik (heterotroph). Dakle, termin protozoa se ne može smatrati kao pravi taksonomskih grupa. Unatoč činjenici da je riječ protozoa po sebi više nije pravi taksonomski naziv, to je još uvijek koristan i funkcionalan pojam.

Istorijski protozoa su bili podijeljeni u četiri glavne grupe: ameba, na flagelati je ciliates, i sporozoa. Prepoznatljive karakteristike između grupa bila zasnovana na motilitet (i.e., ameboid, flagella, cilija). U sporozoa su heterogena grupa koja je proizvodila spore u jednoj fazi svog životnog ciklusa i izložena je ‘klizi’ pokretljivost. Međutim, takva klasifikacija shema je prilično proizvoljna i ne odražava nužno istina evolucijski odnosa između organizama. Jedan od problema s korištenjem pokretljivost kao taksonomski kriterija je da su mnogi protozoa koriste različite vrste pokretljivost u različitim fazama njihovog životnog ciklusa. Na primjer, Naegleria postoji u obliku ameba kada hrane ima u izobilju i pretvara u šibati bičem kada hrana je odsutan. U principu, ameba su heterogena grupa i svi vjerojatno dervived od flagelati. Među ove četiri originalne protozoa grupe samo ciliates se i dalje smatra važećom taksona.

Počevši u 1960-ih je koristio elektronski mikroskop identificirati ultrastrukturna karakteristike koje mogu poslužiti kao kriteriji za grupiranje protozoa. U mnogim slučajevima morfologiju dovodi do klasifikacije koja stavlja organisims u monofiletični grupe. Monofiletični znači da su svi organizmi u toj grupi su vjerojatno potiče od zajedničkog pretka. Na primjer, mnogi od protozoa ranije pod nazivom sporozoa posjeduju subćelijskih strukture, kolektivno poznata kao apikalni organele, a sada čine monofiletičan grupu pod nazivom apicomplexa. Međutim, subćelijskih strukture i metaboličkih puteva mogu se izgubiti u nekim loza i stavljanje tih potomci mogu biti problamatic.

Tokom 1980-ih pa sve do sadašnjeg vremena molekularne tehnike se primjenjuju na taksonomiju. Moguće evolutivne istorije i odnosi se može izvesti poređenjem DNK ili proteina sekvence. Molekularne sekvence podaci potvrdio filogenija na osnovu drugih kriterija, naselili neke rasprave, a dovela je do nekoliko iznenađenja. Na primjer, molekularne podaci potvrđuju da su apicomplexa su monofiletični, a osim toga, ukazuje na to da su oni koji se odnose na ciliates i dinoflagelate. Ove tri grupe su sada u kombinaciji u veći monofiletični grupu pod nazivom alveolata. Ovaj odnos je ranije osumnjičen i ime je u odnosu na morfološke strukture poznate kao alveolarne vrećice. Ali upotreba jedinstvenog gena može biti nepouzdan način određivanja evolucione odnosa, posebno među srodstvu organizama, i molekularne podatke treba uzeti sa rezervom.

Od klasifikacija sredine 1980-ih od protiste je bio u stanju toka i boluju od neke filozofske kontroverze. S jedne strane, postoji neki argument za zadržavanje elemenata Bütschlian sheme na osnovu pokretljivost zbog poznavanja i jednostavnost. Međutim, ove šeme su često u sukobu sa filogenetskim podataka. Osim toga, hijerarhije i redove tradicionalnog Linneovoj sistematike (tj, Koljeno, razred, red, porodica, rod, vrsta) ne uvijek dobro uklapa sa mikro-organizama, a to je često teško odlučiti koji su hijerarhijski nivo je najpogodniji za neki određeni protozoa grupa.

Ranije mnoge taksonomske šeme su definirane pet carstava života: prokariota (bakterija), protiste, biljke, gljive i životinje. U ovim šeme protozoa su dio Protista uz jednostanične alge, diatoma, oomycetes i sluzi kalupa. Međutim, tu je uvijek bilo nezadovoljstvo protista grupom. To je dijelom zbog Protista se definira u dijelu negativnom kriteriju. Drugim riječima, organizmi koji se ne uklapaju u ostale četiri kraljevstva su po defaultu u jednoćelijski organizam. Osim toga, neki protiste su filogenetski više usko povezan sa druge tri eukariotskih kraljevstva nego drugim protiste, a time i protiste jasno polyphyletic.

Cavalier-Smith predlaže pet eukariotskih carstva koja se sastoji od bazalne, i na taj način parafiletični, kraljevstvo Protozoe i četiri izvedena kraljevstva: Animalia, gljivice, Plantae, i Chromista (slika). Neki od bivšeg jednoćelijski organizam su sada uključeni u izvedene carstva koje su najbliže odnose na rezultat u kraljevstvu Protozoe postaje monofiletični. Međutim, alveolates, među kojima su mnoge tradicionalne protozoa kao što su apicomplexa, ciliates, i dinoflagelate, formiraju klada sa chromista, ali se ipak nalaze u protozoa kraljevstvo. Tako je chromista nisu holophyletic. Pomeranje alveolates u novi kraljevstvo pod nazivom Chromalveolata će riješiti ovaj problem. Međutim, to bi vjerojatno rezultirati kontroverze i zbunjenost, jer mnoge alveolates su dugo smatra protozoa.

Klasifikacija eukariota u 5 carstava: protozoa (žuta), biljke (zeleni), chromista (roze), životinje (plava) i gljivica (lavanda). Promjena iz Calvaleir-Smith (2003) Eur J Protistol 39: 338-348.

 

Programiranje Python: Uvod u računarstvo

Source: http://mcsp.wartburg.edu/zelle/python/

John M. Zelle, Ph.D.

Pisao sam uvodni CS udžbenik koristeći Python. To je objavio Franklin, Beedle & Associates. Ako ste zainteresovani u razmatranju ili usvajanja ovog udžbenika, kontaktirajte Tom Sumner na FBA. Instruktor resursa, uključujući rješavanje problema i ispitnih pitanja su na raspolaganju od izdavača. Kliknite izdanje ispod za pristup izdanje specifičnih javnih resursa.

            

Jednostavno grafičku biblioteku: graphics.py

Ja sam razvio grafičku biblioteku jednostavan za korištenje da se uvede objektno orijentisanih koncepta. Biblioteka je objavljen pod GPL, tako da je slobodno dostupan za korištenje i modifikaciju.

graphics.py Jednostavna grafika modul koji se koristi u udžbeniku primjerima. Ovo je verzija 5.0, i da će raditi s obje Python 2.x i 3.x. Ovo je najnovija verzija grafičke biblioteke se može koristiti sa bilo izdanje knjige. Poznato je da se radi pod Linux, Windows i Mac OSX.

Grafika referentni (HTML) se mogu pregledati referentnu dokumentaciju za grafičku paket

Grafika referentni (PDF) štampati dokumentacije za grafičku paket


Zašto Python za CS1?

Na Wartburg College smo bili koristeći Python intenzivno u našem nastavnom planu i programu od 1998. Našli smo da to bude gotovo idealan prvi jezik i koristan alat u cijelom nastavnom planu i programu. Uvjeren sam da iz mog iskustva da Python je mnogo bolji za nastavu od jezika kao što su Java, C ++, ili Ada. Ako ste zainteresirani za učenje zašto, neki od mojih radova i prezentacija provjeriti.

Python kao prvi jezik

Rad predstavljen na 13. Godišnja Midwest Computer konferenciji, marta 1999. Ovaj stav radu je prikazan slučaj za Python u CS1 i CS2 kurseva.

Jednostavnije je bolje: Python kao nastavni jezik

HTML verziju razgovor sam predstavljen na CS i IT 2008. simpozij pod pokroviteljstvom CSTA i ACM.

Nastava računarska nauka sa Python

HTML verzija radionice I predstavljen na SIGCSE 2004. sigcse-slides.pdf je PDF datoteke slajdove, i sigcse-handout.pdf je radni materijal sa 4 slajda po stranici.

Jednostavno ne Pojednostavljeno: Istiskivanje najviše od CS1 sa Python

HTML verziju razgovor sam predstavljen na CCSC Fall 2003. ccsc-slides.pdf je PDF datoteke slajdove, i ccsc-handout.pdf je radni materijal sa 4 slajda po stranici.

 

Komunikacijne softver za slab signal

Source: http://physics.princeton.edu/pulsar/K1JT/

WSJT-X, WSJT, MAP65 i WSPR su open-source programi dizajniran za slab signal digitalne komunikacije radio amatera. Normalno korištenje zahtijeva standard SSB primopredajnik i lični računar sa zvučne kartice, ili ekvivalent. SDR-style hardver, uključujući SDR-IQ, Perseus, softrock, a FUNcube dongle je podržan od strane MAP65 i WSPR. SimJT je uslužni program koji generira simuliranim signali za potrebe testiranja. Svi programi su na raspolaganju besplatno, pod licencom GNU General Public License. paketi za instalaciju WSJT-X su dostupni za Windows, Linux i OS X; WSJT i WSPR imati Windows i Linux paketa, i MAP65 i SimJT su samo za Windows. Za više detalja o izvornom kodu i operativnih sistema, pogledajte stranicu za razvoj programa.

WSJT-X ( “Slab signal komunikacije, od K1JT”) nudi specifične digitalni protokole optimizirana za EME (Moonbounce), meteor scatter, i jonosferskih skater, na VHF/UHF, kao i za LF, MF, i HF razmnožavanje. Program može dekodirati frakcija-of-a-drugi signali ogleda iz jonizovanog meteora staze i stabilan signal više od 10 dB ispod zvučni praga. WSJT-X sadrži gotovo sve popularne mogućnosti programa WSJT i WSPR, dodajući sveobuhvatnu kontrolu bušenje i mnoge druge funkcije. Provjerite WSJT-X stranice i linkove u njemu za detalje o načinima JT4, jt9, JT65, QRA64, ISCAT, MSK144, i WSPR.

WSJT je originalni program, započet u 2001. Verzija 10 implementira prikaza JTMS, FSK441, FSK315, ISCAT, JT6M, JT65, i JT4.

MAP65 implementira širokopojasni prijemnik za JT65 signale, optimiziran za EME na VHF/UHF. Može se koristiti zajedno sa Linrad (od SM5BSZ) ili s direktnim ulaz iz zvučne kartice ili FUNcube Dongle. Program dekodira sve JT65 signale u propusnom opsegu širine do 90 kHz, proizvodeći sortirane bend karta dekodirani pozivnih znakova. U dual-polarizacija sistem, MAP65 optimalno odgovara polarizacija kut svakog signala, čime se eliminiše problema sa rotacijom Faraday i prostorne polarizacije odstupanja.

WSPR (izgovara se “visper”) je skraćenica za “Slab Signal Širenje Reporter.” Ovaj program je dizajniran za slanje i primanje prenose male snage za testiranje propagacije staze na MF i HF opsezima. Korisnici koji imaju pristup internetu mogu gledati rezultate u realnom vremenu na WSPRnet. Verzija 2.11 od WSPR uključuje FMT, paket komandne linije alata koji vam mogu pomoći da se mjerenja vrlo precizne frekvencije bez skupih laboratorijske opreme. Eksperimentalna verzija WSPR-X je dostupan, nudeći opcioni mod WSPR-15 sa 15-ak minuta transmisije i bolje osjetljivosti za oko 9 dB.

SimJT stvara JT65 i CW test signale sa odredio korisnik odnos signal-šum. To je korisno za testiranje JT65 dekoder i relativne sposobnosti ova dva režima.


©2001-2016  by Joe Taylor, K1JT

Knjige na obrazac orijentiranih arhitektura softvera

Source: http://www.cs.wustl.edu/~schmidt/POSA/

Ova stranica opisuje pet knjiga o obrascu orijentisane arhitektura softvera (POSA). Sve ove knjige su objavljene od strane Wiley.

1.     Obrazac-orijentisana arhitektura softvera: sistemne obrasce, Zapremina 1

POSA1 je prvi volumen u POSA seriji i bio je objavljen u 1996. Ova knjiga predstavlja napredak i evoluciju obrazac pristup u sistem obrazaca sposoban opisivanja i dokumentiranja aplikacija velike. Obrasci predstavljena u ovoj knjizi obuhvataju nekoliko nivoa apstrakcije iz arhitektonskog obrasce na visokom nivou i obrasce dizajna srednjeg nivoa u idioma niskom nivou.

2.    Obrazac-orijentisana arhitektura softvera: obrasci za istovremenu i umrežene objekata, Zapremina 2

POSA2 je drugi tom u POSA serije i objavljena je 2000. godine 17 obrasce u POSA2 čine osnovu jezika obrasca koji se bavi pitanjima u vezi sa konkurentnosti i umrežavanje. Ovaj materijal predstavlja niz obrazaca iz idioma u arhitekturi dizajna. Obrasci pokriti osnovne elemente za izgradnju konkurentnih i umreženog sistema: pristup i konfiguracije servisa, rukovanje događaj, sinhronizacija, i konkurentnost. Svi obrasci prisutni opsežne primjere i obrazac poznat upotrebe prikazani su u raznim programskim jezicima, uključujući C ++, C, i Java.

3.    Obrazac-orijentisana arhitektura softvera: obrasce za upravljanje resursima, Zapremina 3

POSA3 je treći volumen u POSA serije i objavljena je 2003. godine koristi obrasce predstaviti tehnike za provedbu efikasno upravljanje resursima u sistemu. Obrasci su pokrivene u detalje, koristeći nekoliko primjera, i, kao i prethodnih svezaka POSA, uputstva su data o tome kako implementirati predstavljenih obrazaca. Osim toga, volumen predstavlja temeljnu uvod u upravljanje resursima, i dvije studije slučaja u kojima se primjenjuju u domenu ad hoc mreža i mobilnih radio mreža obrasce. Obrasci su grupisani po različitim područjima upravljanja resursima i time bave kompletan životni ciklus resursa: akvizicije resursa, koordinaciju i oslobađanje.

4.    Obrazac-orijentisana arhitektura softvera: obrazac jezik za distribuirano računarstvo, Zapremina 4

POSA4 je četvrti volumena u POSA seriji i bio je objavljen u 2007. To opisuje obrazac jezika za distribuirano računarstvo koji vodi čitaoce kroz najbolje prakse i uvesti ih u ključnim oblastima izgradnje distribuiranih sistema. POSA4 povezuje stotine samostalnih obrasce, obrazac zbirki, i obrazac jezika iz postojećih tijela literature naći u POSA serije. Takvi obrasci odnose na i su korisni za distribuirano računarstvo na jedan jezik. Knjiga pruža konzistentan i koherentan holistički pogled na zanat izgradnje distribuiranih sistema.

5.    Obrazac-orijentisana arhitektura softvera: na obrasci i uzorak jezici, Zapremina 5

POSA5 je peti volumen u POSA seriji i bio je objavljen u 2007. To nudi pogled u dubinu onoga što su obrasci, ono što nisu, i kako ih uspješno koristiti. Ova knjiga bavi pitanjem šta je obrazac jezik i uspoređuje različite paradigme u konceptu obrazac, uključujući i obrazac jedinjenja, obrazac nadopunjuje, obrazac zbirki, uzorak priče, i obrazac sekvence.

Dvorska ljubav

Source: http://public.wsu.edu/~delahoyd/medieval/love.html

Michael Delahoyde
Washington State University

Uvod:
Mi smo tako upoznati sa ljubavlju tradiciju da smo pomisliti za prirodni i univerzalni fenomen i nemaju impuls da se raspita u svoje porijeklo. Ali, to je teško, ako ne i nemoguće da pokaže ljubav biti ništa više nego umjetnički fenomen ili izgraditi – književni ili performativni inovacija u srednjem vijeku.

Izraz “dvorske ljubavi” ( “L’amour Courtois”) je skovao Gaston Parizu 1883. (u časopisu Rumunjska), tako da je prvi problem je da smo skloni da neka Viktorije definirati za nas. Izrazi koji se pojavljuju u stvarnom srednjeg vijeka su “Amour honestus” (Honest Love) i “Fin Amor” (Rafinirani Love).

Koncept je bio nov u srednjem vijeku. U medievals su bili prvi koji će otkriti (ili izmisliti) je, prvi koji će iznijeti ovaj oblik romantične strasti. Nije bilo književna ni socijalni okvir za to u hrišćanskom svijetu prije kraja 11. stoljeća; zapadnoj tradiciji nije imao prostora za izražavanje ljubavi u literaturi: postoji nijedan u Beowulf ili The Song of Roland. Vjerskih tradicija govori o ljubavi, ali to je agape – platonska / christian ljubav svih čovječanstva kao svoju braću i sestre. U klasičnoj literaturi smo svjedoci kako se zove ljubav, ali, kao primjeru i po slučaju Dido za Enej, strast se često opisuje u firy smislu i uvijek čita kao eros – vruće požude. (Medea i Fedra i drugih upozorenja primjera, i “ljubav” ih gura u kriminal i sramota.) Ovidije je Ars Armitoria i Remedia Amoris (The Art of Love i The Cure for Love) su ironično i didaktički rasprave generira iz premise da je ljubav manji sitan grijeh. Ovidije daje pravila za nezakonite ponašanja.

Umjesto toga za razliku od “dvorske ljubavi,” literatura Crkve je anti-feministički. I tastemakers u feudalnom društvu se uda ne zbog ljubavi, ali za nekretnine i nasljednika. To je rečeno da je u srednjem vijeku udala si se za feud i dobio ženu bačen u sa pogodbe. Idealizovani “ljubavi” ide protiv utilitarne ekonomiju braka, a strast je zabranjeno od strane Crkve, pa sve do dvorskog verziju došao, Ljubav je bila dužnost i “Luv” je grešno. Tako je, “dvorske ljubavi” pojavio i ostao izvan braka. (Ljubav i brak ne idu zajedno kao konj i kočija.) C.S. Lewis je odlučio da svoje ključne karakteristike su poniznost, ljubaznost, i preljuba.

Istorijsku osnovu?:
Naučnici koji su vjerovali da dvorske ljubavi je pravi istorijski razvoj osloniti na literaturu za čitanje unazad istoriju. Oni su odlučili da je sve počelo u južnoj Francuskoj, koji je bio dovoljno miran i izolovani za takav pokret da se razvije. Stari rimski ratni psi u penziji ovdje (Avignon; Toulouse; Nimes pod Domaine Eleanor, vojvotkinja od Akvitanije) i razonodu klase, bogati i samodovoljna društva, pronašao novi hir. (Uostalom, ne možete voljeti ako ste siromašni – provjerite vašu Andreas Kapelana.) Intelektualaca iz svih krajeva su privučeni sudovima područja. Na jugu je bio slobodniji i tolerantniji, a bio je pluralistički (s Arapima, Jevreja, i Vizantinci brojevima među stanovnicima). A možda su muškarci u manjini žena (ček pravila 3 i 31 u Andreas).

Trubaduri:
Ono što nam je trubadur pesme. Trubaduri nisu baš lutali Minstrels ali uglavnom bogatih mladića, koristeći provansalski jezik d’Oc. Oko 1071 je godina rođenja za prvi poznati trubadur, William IX Poitiers. [Na sjeveru, feudalni vitezovi radije epske pesme viteštva kao Arthurian priče prelaze kanal. Ali Trouveres podigao trubadura tradicije, transponirana u langue d’ulja. U Njemačkoj su se zvali minnesingers.]

Razmislite Arnaut Daniel je “Šansona do.ill mot sin plan e prim” ( “A Song sa jednostavne reči i Fine”) i Bernard de Ventadour je “Can vei la lauzeta pokretač” ( “Kada vidim Lark Moving”). Guillaume de Machaut dolazi kasnije, u XIV stoljeću, ali je ključni veliko ime u ljubavne pjesme: “Amours me fait desirer” ( “Ljubav ispunjava me Desire”), “Se Ma Dame m’a guerpy” ( “Ako moja Lady mi je lijevo “),” se je souspir “(” da sam Sigh “),” Douce dame Jolie “(” fer i Gentle Lady “), itd

U formes popravci poezije su:

Balada: a a b (ili, ako je = ab, onda ab ab c)
Virelai: A B B A A B B A A

Rondeau: A B A A A B A B

Drugim riječima, bilo je saznao kombinacije rime, strofe, i koncepata. Neki od muzike preživljava, ali smo izgubili oblik ritmova.
U dvorske ljubavi peva od u pjesme predstavlja novu strukturu, a ne da od crkve ili feudalizma, već ukidanje oba. Ljubav je sada kult – neku vrstu religije, ali izvan uobičajenog religije – i kod – izvan feudalizma, ali slično hijerarhijski. Jezik i odnosi su slične (i jezika, ponekad pozajmio od religije, završava pozajmio natrag prema religiji u određenim lyrics). U feudalizam vazal je “čovjek” njegove suverene gospodara; u dvorske ljubavi, vazal je “čovjek” njegove suverene ljubavnica. U religiji, grešnik je pokajnik i traži da je Marija posredovati u njegovo ime sa Hristom, koji je Ljubav. U dvorske ljubavi, grešnik (protiv zakona ljubavi) pita majka bog ljubavi, Cupid majka Venera, da posreduje u njegovo ime sa Cupid ili Eros, koji je bog ljubavi. Dakle, ova nova ljubav vjere izgleda parodira prava religija.

Postupak:
To je statički fenomen protumačiti. Međutim, proces dvorske ljubavi, dugogodišnji odnos sa standardnim procedurama, mogu se izdvojiti iz literature i priče o ljubavi u srednjem vijeku. Evo dogovora. Andreas Kapelana opisuje optički fiziologije prvim trenucima. Ukratko, on ju vidi. Možda ona hoda u vrtu. Vizija nje, koji je sačinjen od svjetlosti zraka, ulazi u svoju očnu jabučicu (otuda slijepe ne može pasti u ljubavi). Kroz prilično zaobilaznim anatomski čudo, ljubav-ray čini svoj put niz oko jednjaka i palice u njegovom srcu. Sada je zaljubljen. Ona ne zna o njemu uopšte. Ona je od visokog statusa i “daungerous”, što znači ne da ona zna Tai Kwon Do, već da je ona suzdržana. On je bijedni.

Nakon proganja se s vizijama svojih udova (usput, ona je dugo nema), on swoons dosta i prati različite pravila Andreas ‘( “ne možeš jesti, ne možete spavati; nema sumnje da si u duboko “). Na kraju sve to ljubav mora da izađe nekako, a izuzetno je teži da se pojavljuju u dobro izrađen strofe sa rime obrasce gore navedenim i energičan malo metar. Potajno, ljubavnik piše pesme za damu pod nazivom “žalbe” ( “planh” u provansalski), jer su uglavnom izgrađeni od lament o svojoj patnji. Oni mogu biti isporučeni joj je posrednik. Ali ona je i dalje prezrivo dok on ili njegov prijatelj nastavlja dizale pesme u prozor vezan za kamenje.

Prije nego što zapravo uzimajući pesmu u zube, ona, kroz neki neobičan događaj, doći će znati ko je šalje pesme. Na kraju ona će smile, što znači da ga je prihvatila kao svog “drut” ( “strah” – što znači da “Oh, ne, on je ponovo”, već u smislu strahopoštovanja: “POŠTOVANI jedan”). Zatim dolazi performanse testova. Ljubavnik dobija token, možda rukavicu ili pojas (a ne 18-satni vrste – više maramu ili krila). A žena dobije carte blanche – kopljima, putovanja, djela, sve što želi. “Mi je Sir Eminem uvredio. Ubij ga.” On mora. “Donesi kući neki svinjske odreske. To prošle su bile užasno.” On mora da ide ubiti divlju svinju. “Donesi mi kutnjaka sultana Bagdada.” Ima da se popne na najširem more i plivati ​​najviše planine i, iako on nema ništa protiv njih po sebi, on mora da hack svoj put kroz sultanov čuvari i suoči sa dječaka, rekavši: “Render ovamo tvoje kutnjaka, Payan svinja! ” “Naprotiv, to me likest nije niti ću nother!” Onda on mora da obezglavi sultana, ključ od zadnje zube, i da se vratim kući (vjerojatno prebacivanje odeću sa Palmer u nekom trenutku), samo da bi saznali da sada ona želi neki Baskin Robbins pistacije vrtlog. I ovo ide na beskonačno.

Nešto sumnjivo:
Navodno o finesama dvorske ljubavi su toliko kompleksna da Eleanor kćer, Marie šampanjca, naručio joj kapelan, Andreas, da napiše pravilnik. Drugi vjerski čovjek, Chretien de Troyes (fl. 1160-1172) je naređeno da napiše “Lancelot”, u kojem oklijevanja viteza na ulazak u kolica je od ključnog značaja. Andreas isporučuje latinske proze rad, De Arte Honeste Amandi (Umjetnost dvorske ljubavi, kao naslov je obično slobodno prevedeno), koji je kasnije uzet kao udžbenik na dvorske ljubavi.

Ali Andreas je sveštenik. Pogledajte neke od poglavlja u Sadržaj! A šta ti je iskren reakcija na čitanje neke od ove. A udžbenik na nedozvoljene ljubavi? 31 pravila? Zašto 31?

Andreas također pruža pravne slučajeve! Navodno, istorija ljubavi uključen sudova ljubavi vladali dame. Nema istorijski dokazi da je ovo ikada dogodilo, a čini se prilično teško, ali Andreas ‘materijal je toliko često da je došlo do izgleda istina iz.

Evo jedan slučaj: žena je suprug umro. Može li ona prihvatiti njen sluga kao njen ljubavnik? Odluka: ne, ona mora udati za u njoj čin. To ne znači da je udovica ne može udati za ljubavnika, ali onda će on biti njen muž, a ne njenog ljubavnika.

Još jedan slučaj: vitez izdržava dama braneći svoje ime. Postaje neprijatno i želi je prestalo. Postoji mnogo rasprava o ovom slučaju. Odluka: ne, žena je u pravu; ne može mu zabraniti od ljubavi njene.

Konačna slučaj: dva mala deca su se igrala u svojim srednjovjekovne sandbox i primijetio sve fine dame i gospodo uključeni u novu ljubav moda o njima. Oni imitatively također složili da ugovor između njih: da će svaki dan dijele poljubac. Oni godina je prošlo i ovaj lik drži se pojavljuju na vratima svakog jutra za poljubac. Žena želi da bude pušten iz ovog maloljetnik ugovora. Ima li slučaj? Odluka: odobrena, jer pravila izričito navodi da se ne može biti o poslovanju ljubavi dok jedan je oko trinaest godina. Stoga svi oni poljupci s obzirom jer to doba mora biti vraćena. (Huh?)

Tako je sve ovo šala? Andreas također nudi povlačenje – jedan o-lice na kraju. I on spominje “duplicem sententiam” (dvostruki lekciju). Na kraju sve čini grešna i vole jeres.

Feminističke perspektive:
Da li dvorske ljubavi povećati položaja žena? Da, u odnosu na njihove uloge samo kao “cup-nosioci” i “mir-tkalja” – to jest, u Beowulf na primjer, službenika i političkih pijun u braku. Ali …

Mora se priznati da je viteška stav je igra master grupa igra u podizanje svoj predmet nivo pijedestal …. Kao sociolog Hugo Beigel je zapazio, i dvorskih i romantične verzije ljubavi su “donacije” koji je muški priznaje od njegove ukupne snage. Obojica su imala učinak zamagljivanja patrijarhalni karakter zapadne kulture i njihova tendencija da se pripisati nemoguće vrline ženama, završilo ih potvrđuje u uskom i često izuzetno conscribing sferi ponašanja. (Kate Millett, Seksualna politika 37;. Nav u Toril Moi, Seksualna/Tekstualni Politika 27)

Marksističke perspektive:

U “ljubavna prica” je jedan od najvažnijih sveprisutne i efikasan svih ideoloških aparata: jedan od najefikasnijih dimne zavese dostupan u politici kulturne produkcije. Dovoljno je da samo historijske popularnosti priče kriminala purveyed kao “ljubavne priče”: iz Trojanskog rata – da je paradigmatski “povezanost” ljubavi i genocida – da se Bonnie i Clyde, iz subkulturnih Sid i Nancy na HyperReal Ron i Nancy, vidimo stepen u kojem koncept ljubavi se koristi kao “humanizacije” faktor, način prisvajanja brojke kojima nemamo drugog braniti razloga da žele da se identifikuju sa. To je također način da sadrži sve što političke ili društvene prijetnje takve brojke mogu predstavljati u više ukusna i manipulaciji (jer istovremeno fetishized kao univerzalne i individualnih) motiva ljubavi i seksualne želje …. je “ljubavna priča”, a narativ koji često se maskira (nalazi narativni) ili se uzima kao “prirodno” u odnosu na izumima drugih generičkih oblika. (Charnes 136-137).

Izbrisati:

Era dvorske ljubavi brzo nestao pod uticajem ekonomske i kulturne devastacije donosi Katarski krstaški rat (1209-1229). Sjeverni vitezovi na čelu sa Simon de Montfort zahvatio dole, zemlja je impovershed, sloboda je nestao, i inkvizicija i sjeverni francuski dijalekt izrečeno. Pravilo Pariza stavio tačku na jugu stoljećima. Ali pjesme nisu preživi i putovanja, u sjevernoj strane Trouveres, istočno u Nemačkoj sa minnesingers, južno do Italije.


Citirani radovi

Umjetnost dvorske ljubavi. Rane muzike supruga u Londonu. London, Virgin Classics doo, 1996. D 216.190.

Campbell, Joseph, sa Bill Moyers. “Priče o ljubavi i braku.” Moć mita. NY: Doubleday, 1988. 186-204.

Charnes, Linda. Zloglasni identitet: materijalizacije predmet u Šekspiru. Cambridge: Harvard University Press, 1995. godine.

Dodd, William George. “Sistem dvorske ljubavi.” 1913. Rpt. u Chaucer kritike, Vol. II. Ed. Richard J. Schoeck i Jerome Taylor. Notre Dame University of Notre Dame Press, 1961. 1-15. Dodd tretira fenomen kao istorijski.

Donaldson, E. Talbot. “Mit o dvorske ljubavi.” Govoreći o Chaucer. NY: W.W. Norton & Co., Inc., 1970. Donaldson izjavljuje Andreas je klerikalna šala.

Lewis, C.S. alegorija ljubavi. 1936. NY: Oxford University Press, 1958.

Trubadura i Trouvère Pesme. Muzika iz srednjeg vijeka, Vol. 1. Lyrichord rane muzike serije. NY: Lyrichord Diskovi Inc., 1994. LEMS 8001.

Dinosauria

Source: http://www.ucmp.berkeley.edu/diapsids/dinosaur.html

Diplodocus Family
Diplodocus carnegii. Ilustracije © 1998 Michael Skrepnick

Dinosaurusi, jedan od najuspješnijih grupa životinja (u smislu dugovječnosti) koje su ikada živjeli, evoluirao u mnogo raznolike veličine i oblika, sa mnogim jednako raznovrsne načine života. Izraz “Dinosauria” izmislili Sir Richard Owen 1842. godine da opiše ove “uplašeno veliki reptili,” posebno Megalosaurus, Iguanodon, i Hylaeosaurus, samo tri dinosaurusa poznata u vrijeme. Stvorenja koja mi obično smatramo dinosaurusi živeli tokom mezozoika, od kraja u razdoblju trijasa (oko 225 miliona godina prije) do kraja krede (prije oko 65 miliona godina). Ali sada znamo da su oni zapravo žive na danas kao ptice.

Running Deinonychus
Trčeći Deinonychus. © 1995 B. Cunningham

Neke stvari koje treba imati na umu o dinosaurusima:

  • Nije sve velike i mrtav je dinosaur. Prečesto, knjige koje su napisali (ili filmova snimljenih) za popularnu publiku uključuju životinje, kao što su mamuti, mastodonti, pterosaurima, plesiosaurs, ihtiosaurusa, i jedra podržava Dimetrodon. Dinosauri su specifična podgrupa archosauri, grupa koja uključuje i krokodila, pterosaurima, i ptice. iako pterosaurima su bliske odnose, nisu istinite dinosaura. Još više srodstvu sa dinosaurusima su morski reptili, koji uključuju plesiosauri i ihtiosaurusa. Mamuti i mastodonta su sisari i nije se pojavio do mnogo miliona godina nakon završetka krede. Dimetrodon nije ni reptil ni sisara, ali je bazalni sinapsida, to jest, rano u odnosu predaka sisara.
  • Nisu svi dinosauri živjeli u isto vrijeme. Različite dinosaurusi živeli u različitim periodima. Uprkos opise u filmovima kao kralj Kong i Jurassic Park, ne Stegosaurus gledao Tyrannosaurus, jer Tyrannosaurus nije se pojavio na sceni do 80-tak milijuna godina nakon izumiranja stegosaurs. Isto važi i za Apatosaurus ( “Brontosaurus”) – to je kosti su već dobro fosilizirana od T. rex put pojavio.
  • Dinosauri nisu izumrli. Tehnički. Na karakteristike kostur na bazi, većina ljudi koji studiraju dinosaura smatraju ptica biti dinosaurusa. Ovo šokantno realizacija čini čak i najmanji kolibri legitiman dinosaurusa. Dakle, umjesto da se odnose na “dinosaurusa” i ptice kao diskretne, odvojene grupe, najbolje je da se odnosi na tradicionalne, izumrlih životinja kao “non-ptičje dinosaurusa” i ptice, kao, dobro, ptice, ili “ptičji dinosaurusa.” To je netačno reći da su dinosaurusi su izumrli, jer su napustili žive potomci u obliku papagaja, cassowaries, a njihovi drugari – baš kao i moderni kičmenjaka i dalje kičmenjaka, iako njihovi Cambrian preci su duge izumrli.

Pronađite odgovore na neka često postavljana pitanja o dinosaurusima:

Posjetite ovih posebnih dokaznih predmeta na neke popularne dinosaurusa:

  • Saznajte više o Tyrannosaurus Rex, najpoznatiji od svih dinosaura.
  • Uzmite “audio tour” i čuti o otkriću i rekonstrukcija Dilophosaurus od samog pronalazača, pokojni Sam Welles.

    Više o dinosaurusima:

(Odaberite Sistematika da se upoznaju sa specifičnim Dinosaur grupe)


Fossil RecordLife & EcologySystematicsSystematics

Izvori i predložio daljnje čitanje:

  • Weishampel, D.B., P. Dodson, i H. Osmólska (ur.). 2004. Dinosauria. 2. izdanje. University of California Press, Berkeley. 833 str. Jednostavno rečeno, definitivno tekst na dinosaurusa. Malo tehnički za početnike, ali iscrpna detaljno; A “mora imati”.
  • Norell, profesionalan umjetnik, E.S. Gaffney, i L. Dingus. 1995. Otkrivanje Dinosaurs na američki Prirodoslovni muzej. Nevraumont Publishing Company, Inc., New York. 204 str. Trenutna ažuriranje dominantnih razmišljanja u dinosaur paleontologije. Ciljana za laik (sa dobrim pregledom Kladistika), ali korisno za sve.
  • Norman, D. 1985. Ilustrovana enciklopedija Dinosaurs. Crescent Knjige, New York. 208 str. Nažalost, iz štampe, i dalje je velika knjiga o dinosaurusima za sve uzraste.
  • Padian, K., i D. Chure (ur.). 1989. Age of Dinosaurs: kratke kurseve u paleontološkog Broj 2. Paleontological društvo. 210 str. Za nastavnike, knjiga ističući kako pokrenuti kurs o dinosaurusima.

Autori Copyright

Genetika Mendelja

Source: http://anthro.palomar.edu/mendel/mendel_1.htm

photo of 3 domesticated horses pulling a plow
Hibridizovala pripitomljeni konji

Hiljadama godina poljoprivrednika i stočara su selektivno uzgoj svoje biljke i životinje za proizvodnju više korisnih hibrida da čuje prethodnom pojam izgovara. To je donekle procesa hit ili promašaj od stvarne mehanizme kojima se uređuje nasljedstva bili nepoznati. Poznavanje ovih genetskih mehanizama konačno je došao kao rezultat uzgoja eksperimenata oprezni laboratorija obavlja preko prošlog stoljeća i pol.

photo of Gregor Mendel
Gregor Mendel 1822-1884

Do 1890, izum bolje mikroskopa dozvoljeno biolozi otkriti osnovne činjenice deobe ćelija i seksualnu reprodukciju. Fokus genetike čuje prethodne pojam izriče istraživanja zatim prebačen na razumijevanju šta se stvarno događa u prenošenju nasljednih osobina sa roditelja na djecu. Jedan broj hipoteza je predloženo da se objasni nasleđa, ali Gregor Mendel kliknete na ovu ikonu da čuju ime izgovara, malo poznatog Central European monah, bio je jedini koji je to više ili manje u pravu. Njegove ideje su objavljeni 1866. godine, ali u velikoj mjeri je neprepoznata do 1900. godine, koji je dugo nakon njegove smrti. Njegov rani život odraslih je proveo u relativnom opskurnosti radi istraživanja osnovne genetike i nastavi srednjih škola matematike, fizike, i grčki u Brnu (sada u Češkoj). U svojim kasnijim godinama, postao je iguman svog manastira i ostavi po strani naučni rad.

 

photo of 3 pea pods and peas
Zajednički jestive grašak

Dok Mendel je istraživanja bio je s biljkama, osnovne principe nasleđa kliknite na ovu ikonu da čuje prethodni pojam izriče da je otkrio odnose se i na ljude i druge životinje, jer mehanizmi nasleđa su u osnovi isti za sve složene oblike života.

Kroz selektivno ukrštanjem zajedničke graška biljaka (Pisum sativum) tokom mnogih generacija, Mendel otkrio da su neke osobine pokazuju u potomstvo bez miješanje karakteristika roditelja. Na primjer, graška cvijeće su ili ljubičaste ili bijele – srednji boje ne pojavljuju u potomstvo cross-oprašuju graška biljke. Mendel primetio sedam osobine koje se lako prepoznaju i po svemu sudeći javljaju samo u jednom od dva oblika:

1. cvijet boja je ljubičasta ili bijele boje          5. sjeme je žuta ili zelena
2. položaj cvijet je AXIL ili terminal               6. pod oblik napumpana ili sužen
3. dužina stručak je duga ili kratka                 7. pod boja je žuta ili zelena
4. sjeme oblik je okrugli ili naborana

Ovo zapažanje da ove osobine ne pokazuju se u potomstvo biljaka sa srednjim oblicima je od presudnog značaja, jer je vodeća teorija u biologiji u to vrijeme je bio da nasledne osobine spoj iz generacije u generaciju. Većina vodećih naučnika u 19. stoljeću prihvatila taj “miješanje teoriju.” Charles Darwin je predložio još jednako nije u redu teorija poznata kao “pangenesis” kliknite na ovu ikonu da čuju ime izgovara. Ovo je smatrao da nasledne “čestice” u našim tijelima su pogođene stvari koje radimo tokom naših života. Mislio je ove modifikovane čestice da migriraju preko krvi u reproduktivne stanice i potom se može naslijedila od naredne generacije. To je u suštini varijacija Lamarck je pogrešnog ideju “nasljeđivanja stečenih karakteristika.”

Mendel izabrali zajednički vrt graška postrojenja za fokus svog istraživanja jer se mogu lako uzgaja u velikom broju i njihova reprodukcija može manipulisati. Pea biljke imaju i muške i ženske reproduktivne organe. Kao rezultat toga, oni mogu ili samo-oprašuju sebe ili cross-oprašuju sa druge biljke. U svojim eksperimentima, Mendel je bio u mogućnosti da se selektivno cross-oprašivanje rasnih da čuje prethodne pojam izriče biljke sa posebnim osobinama i poštuju ishod tokom mnogih generacija. To je bila osnova za svoje zaključke o prirodi genetskog nasljeđivanja.

drawing of a flower cross-section showing both male and female sexual structures
Reproduktivnog strukture cvijeće

U unakrsnom oprašivanje biljaka koje ili proizvode isključivo žute ili zelene boje graška sjemena, Mendel je utvrdio da je prvi izdanak generacije (F1) uvijek ima žute sjemena. Međutim, sljedeće generacije (F2) stalno ima 3: 1 odnos žute do zelene.

diagram showing the result of cross-pollination in the first 2 offspring generations--in generation f1 all are yellow peas but in generation f2 the ratio of yellow to green peas is 3 to 1

Ova 3: 1 odnos javlja u kasnijim generacijama kao dobro. Mendel shvatio da je to u osnovi pravilnost je ključ za razumijevanje osnovnih mehanizama nasljeđivanja.

diagram showing the result of cross-pollination in the 3rd offspring generation--the offspring of the 2nd generation green peas are all green, the offspring of one third of the 2nd generation yellow peas are all yellow, the offspring of the other 2nd generation yellow peas are green or yellow in a 3 to 1 ratio

On je došao do tri važna zaključke iz ovih eksperimentalnih rezultata:

1. da baština svakog osobina određuje “jedinice” ili “faktora” koji se prenose na potomke nepromijenjen (ove jedinice su sada nazivaju genima)
2. da pojedinac nasljeđuje jedan takav uređaj od svakog roditelja za svaku osobinu
3. da je karakterna možda neće prikazati u pojedinca, ali se i dalje mogu prenijeti na sljedeću generaciju.

Važno je shvatiti da, u ovom eksperimentu, početni matične biljke su homozigot izreći boja semena graška. To jest, oni su imali dva identična oblika (ili alela ) gena za ovu osobinu – 2 žute ili 2 zelje. Postrojenja u F1 generaciji bili sve heterozigot . Drugim riječima, svaki od njih je naslijedila dva različita alela – jedan od svake biljke roditelja. To postaje jasnije kada pogledamo stvarne genetske šminke, ili genotipa, od graška biljke umjesto samo fenotip , ili vidljivih fizičkih karakteristika.

diagram of genotypes of pea plants in 3 generations after cross-pollination

Imajte na umu da svaki od proizvodnih postrojenja f1 (prikazano gore) naslijedio Y alel od jednog roditelja i G alela od ostalih. Kada F1 biljke uzgajati, svaki ima jednaku šansu da prolaze na bilo Y ili G alela za svaki potomstvo.

Sa svih sedam graška biljka osobine koje Mendel pregledao, jedan oblik pojavio dominantan nad drugim, što će reći da maskirani prisustvo drugih alela. Na primjer, kada je genotip za kolor seme graška je YG (heterozigot), fenotip je žuta. Međutim, dominantna žuta alel ne mijenja recesivno zelena na bilo koji način. Oba aleli mogu se prenijeti na sljedeću generaciju nepromijenjen.

zapažanja Mendel iz ovih eksperimenata može se sažeti u dva principa:

1. princip segregacije
2. princip nezavisnog asortimana
Prema principu segregacije, za neku posebnu osobinu, par alela svakog roditelja odvojene i samo jedan alel prolazi od svakog roditelja na potomstvo. Koji alel u paru roditelja alela je naslijedila je stvar slučajnosti. Sada znamo da je to segregacija alela nastaje u procesu formiranja pola ćelije (i.e., mejoze).

illustration of the segregation of alleles in the production of sex cells
Segregacija alela u proizvodnju polnih ćelija

Prema principu nezavisnih asortimana, različitih parova alela prenose na potomstvo nezavisno jedan od drugog. Rezultat je da su moguće nove kombinacije gena prisutnih u ni roditelja. Na primjer, nasljeđivanja graška biljke sposobnosti da proizvede ljubičasto cvijeće umjesto bijele one ne znači da je više vjerojatno da će naslijediti sposobnost da proizvede žute graška sjemena za razliku od zelenih. Isto tako, princip nezavisnog asortimana objašnjava zašto ljudski baštine određene boje očiju ne povećati ili smanjiti vjerojatnost da imaju 6 prstiju na svakoj ruci. Danas znamo da je zbog činjenice da geni za samostalno razne osobine se nalaze na različitim kromosoma.

Ova dva principa nasljeđivanja, uz razumijevanje jedinice nasljeđivanja i dominacije, bili su počeci naše moderne nauke genetike. Međutim, Mendel nije shvatio da postoje izuzeci od ovih pravila. Neke od tih izuzetaka će se istražiti u trećem dijelu ovog tutorial i na Sintetička teorija evolucije tutorial.

Fokusirajući se na Mendel kao otac genetike, moderne biologije često zaboravlja da je njegov eksperimentalni rezultati također opovrgnuo Lamarck je teorija nasljeđivanja stečenih karakteristika opisanih u ranim teorije evolution tutorial. Mendel rijetko dobiva zasluge za to, jer njegov rad ostao u suštini nije poznato do dugo nakon Lamarck ideje su široko odbačena kao neverovatno.


NAPOMENA: Neki biolozi pogledajte Mendel je “načela” kao “zakone”.

NAPOMENA: Jedan od razloga zbog kojih Mendel obavlja svoje eksperimente uzgoj sa graška biljke je da je mogao da posmatra obrasce nasljeđivanja u do dvije generacije godišnje. Genetičari danas obično izvršavaju svoje eksperimente uzgoj s vrstama koje reproduciraju mnogo brže tako da je količina vremena i potrebno novca je značajno smanjen. Voćnih mušica i bakterija se obično koriste za tu svrhu sada. Voćnih mušica razmnožavaju u oko 2 tjedna od rođenja, dok bakterije, kao što su E. coli naći u našem digestivnog, razmnožavaju u samo 3-5 sata.


Copyright © 1997-2013 by Dennis O’Neil. All rights reserved.

Alegorija pećine

Source: http://faculty.washington.edu/smcohen/320/cave.htm

1. Platon shvata da je opšti rok čovječanstva na pamet, i govore, itd, bez (toliko daleko da priznaju) bilo svijesti o njegovom domenu oblika.

2. Alegorija pećine je trebalo da objasni ovo.

3. U alegorija, Platon poredi ljude neškolovan u teoriji oblika zatvorenicima okovan u pećini, u nemogućnosti da okreću glavu. Sve što se vidi je zid pećine. Iza njih gori vatra. Između vatre i zatvorenika postoji parapet, uz koju lutkari mogu hodati. Lutkari, koji su iza zarobljenika, drže se lutke koje bacaju sjene na zidu pećine. Zatvorenici su u mogućnosti da vidite ove lutke, pravi objektima, koji prolaze iza njih. Ono što su zatvorenici vide i čuju su senke i odjeci koju baca objekata koji ne vide. Ovdje je ilustracija Platon pećina:

Od Velike dijalozi Platona (Warmington i Rouse, ur.) New York, Signet Classics: 1999., str. 316.

4. Takvi zatvorenici bi pomisliti nastup za realnost. Oni bi da je ono što vidite na zidu (sjene) bili pravi; oni će znati ništa o pravim uzrocima senke.

5. Dakle, kada su zarobljenici govoriti, šta oni pričaju? Ako neki predmet (knjigu, recimo) se vrši prošlost iza sebe, a to baca sjenu na zidu, i zatvorenik kaže: “Vidim knjigu,” ono što je on to govori?

On misli da se govori o knjizi, ali on je stvarno govori o senka. Ali on koristi riječ “knjiga”. Ono što se to odnosi?

6. Platon daje njegov odgovor na liniji (515b2). Tekst ovdje je zbunilo mnoge urednika, a to je često emended. Prevod u Grube / Reeve dobiva poen ispravno:

“A ako bi mogli razgovarati jedni sa drugima, zar ne mislite da bi pretpostaviti da su imena su koristili primijeniti na ono što vide prolaze pred njima?”

7. Plato je poenta je da će zatvorenici biti u zabludi. Za one će biti uzimajući uslovima na svom jeziku da se odnosi na senke koje prolaze pred njihovim očima, a ne (kao što je ispravan, po mišljenju Platona) na stvarne stvari koje bacaju sjene.

Ako kaže da je zatvorenik “To je knjiga” on misli da je riječ “knjiga” se odnosi na vrlo stvar koju gleda. Ali bi bio u pravu. On traži samo sjena. Pravi referent riječ “knjiga” on ne vidi. Da ga vidim, on će morati da okrenemo glavu.

8. Platon je tačka: opšti uslovi našeg jezika nisu “imena” od fizičkih objekata koje možemo vidjeti. Oni su zapravo imena stvarima koje ne možemo vidjeti, stvari koje možemo samo shvatiti sa umom.

9. Kada su pušteni zatvorenici, oni mogu okrenuti glave i vidjeti pravi objektima. Onda shvate svoje greške. Što mi možemo učiniti da je analogna okreće glavu i vidi uzroke senke? Možemo doći do shvatiti oblika sa našim mislima.

10. Platon je cilj u Republici je da opiše ono što je potrebno da bi se postigao ovaj reflektirajuće razumijevanje. Ali čak i bez toga, ostaje istina da je naš vrlo sposobnost da misli i da govori ovisi o obrascima. Za uslovima jezika koristimo dobiju značenje “Imenovanje” obrascima koji predmeti opažamo učestvuju u.

11. Zatvorenici može naučiti što je knjiga je svojim iskustvom sa sjene knjiga. Ali oni će biti u zabludi ako su mislili da je riječ “knjiga” se odnosi na nešto što bilo koji od njih ikada vidio.

Isto tako, možemo steći koncepte naših perceptivno iskustvo fizičkih objekata. Ali mi bi u zabludi ako smo mislili da su koncepti koji smo shvatiti bili na istom nivou kao i stvari koje opažamo.


Copyright © 2006, S. Marc Cohen